в биосе, в пункте boot device priority  нужно выставить 1st - HDD, а остальное отключить, хотя может это и не из за этого, какая конфигурация у тебя?

У меня та же проблема, грузился комп около 30 минут! (система Атлон 4000 , 2 Гига ОЗУ,  200+500 Гб винчестера)
поставил на ночь дефрагментировать + проверил на вирусы. Помогло.
Вроде посотрел по вирусам, всякая мелочевка в старых архивах, которые никак не пересмотрю чтобы стереть, ни один так не должен влиять на загрузку, значит помогла дефрагментация.
Но вот у двоих моих знакомых похожие симптомы... начинаю сомневатся в совпадении, что всем нужна была дефрагментация...