А что сложного в том, чтобы разбить винт так, чтоб система стояла на отдельном, предназначенном ей разделе? И больше там ничего не держать. Лично я переустанавливаю почаще тебя и тоже всегда с форматированием. Причем львиную долю софта вообще не переустанавливаю.
Хотя для домашнего компа разницы, в принципе, никакой, если не заниматься действительно важными вещами.
NTFS радует тем, что при глюках (или вдруг электричество отключили) информация не теряется. После глюка FAT32 начинает проверку диска, которая делаеся очень некорректно. В результате может потеряться важная информация. Однажды у меня отключили свет во время просмотра фильма, я тогда еще на МЕ сидел. Хоть фильм важной информацией я и не считаю, но досмотреть хотелось. А файл порезало scandisco'м. Конечно, найти куда "отрезало" кусок фильма и склеить я смог. А вот если бы это был важный графический файл? И произойти это может с любым файлом на диске, включая системные, например файлы реестра или kernel32.dll.
Можно поэкспериментировать: ты нажимаешь на reset сколько нибудь раз, в произвольном месте. В результате все равно система когда-нибудь слетит. Потом я нажимаю столько же. Результаты сравним
P.S. Все новое ведь не просто так придумывается. Значит была необходимость.