Шепарду не обязательно умирать. Есть концовка, где выживает и Шепард и Андерсон. Все зависит от того, сохранили ли вы базу Коллекционеров в МЕ2 и сколько очков боеспособной армии вы набрали за время игры в МЕ3. Ко всему прочему, максимальное количество очков армии не набрать, пока не поиграешь в мультиплеере.
Вот варианты концовок (на английском).
P.S. Хороших концовок в игре нет, они все в той или иной степени плохие.

Ну посмотрим, что у меня получится. Моя программа минимум - самому остаться в живых, спасти Землю, замочить Призрака и жнецов.

У меня пиратка. От покупки лицензии меня останавливает то, что придётся ещё DLC потом покупать, мне это не нравится. У меня на лицензии только первая часть Масса. Я просто скачал репак с вшитыми всеми вышедшими на данный момент DLC. Правда не все работают - например там есть какой-то робо-пёс, который должен бегать по Нормандии, но у меня его нет.

Да, мой Шепард-мужик тоже как-то странно бегает. Ну вот и я прошёл игру. Армию не смог прокачать даже до 4к, не говоря уже о 5к. Под конец игры боеготовность была кажись 3720. Призрака в конце не смог уболтать - в последнем выборе варианты героя и отступника были недоступны, хотя у меня геройская шкала была на максимуме вроде. Ну и в итоге Андерсон помер, Призрака я застрелил, потом поговорил с мальчиком и выбрал уничтожение жнецов. В итоге жнецы и синтетики уничтожены, ретрансляторы тоже, а Нормандия разбилась на какой-то планете и из неё вышли Джокер, Гаррус и Явик. Хотя Явик был со мной в последней миссии. Завтра посмотрю другие 2 концовки - если выбрать контроль над жнецами и синтез. А у вас что в конце произошло? Кто жив остался?

  Я посмотрел ещё концовку с синтезом. В итоге в конце из Нормандии вылезли Джокер, Сузи и Явик. Ну в общем игра мне понравилась. Не понравились второстепенные квесты, которые решаются либо сканированием планет, либо двумя кликами на консоли спектра. Как-то это не интересно. Хорошо хоть было много и нормальных второстепенных квестов.
  Теперь по поводу концовки. Не могу сказать, что она мне не понравилась, просто я такого не ожидал, думаю как и все. Какое-то депрессивное чувство появилось после финала, музычка эта ещё.. В общем стало грустно. Похожее чувство было в 1 части, когда надо было решить, кто умрёт - Кайден или Эшли. Но тут конечно гораздо сильнее. Разработчики приучили нас к хэппи-эндам. Или же чтобы можно было получить либо хороший, либо плохой финал, либо что-то среднее. Ведь именно так было во 2 части - Шепард мог помереть вместе с командой, а мог и выжить со всеми, ну и ещё мог кто-то из команды сдохнуть. То есть фактически и получаем 3 концовки - хорошую, плохую и среднюю.
  А тут все концовки неоднозначные. Биовэр наверно поиграли в Deus Ex и решили: "А давайте тоже замутим что-нибудь такое?" Ведь по сути концовки нельзя назвать ни плохими, ни хорошими. Вот, например, красная концовка - там мы уничтожаем жнецов, спасаем Землю, и даже сами можем выжить. Но при этом уничтожаются ретрансляторы и становятся невозможными перелёты между системами. Бедная солнечная система - там остался весь межгалактический флот! Ещё умирают все синтетики, включая гетов и Сузи. Ну собственно ретрансляторы уничтожаются в любом случае. Но при красной концовке мальчик сказал, что через какое-то время появятся новые синтетики и уничтожат всех органиков.. возможно.
  Короче я думаю, что лучшая концовка - это синтез, хоть и Шепард помирает. Ну а вообще можно долго рассуждать, что там в конце произошло. Может Шепарду вообще всё приснилось, что было на Цитадели - после того, как в него стрелял жнец. Ведь я так понял, при разговоре с мальчиком он находился в открытом космосе без скафандра и почему-то не улетел в открытый космос. Чем же он там дышал - не понятно. И почему обязательно один из сопартийцев, который был вместе с тобой на последнем задании, потом выходит из Нормандии? Он же на Земле был вместе с тобой. Он туда телепортировался что-ли? Конечно это может быть ляп, но вряд ли Биовэр могли так облажаться.
  В итоге могу сказать, что игра мне понравилась. Вот ещё забыл один существенный недостаток - это влияние мультиплеера на сингл. Имхо, нельзя так делать. Во всех играх мальчики – налево, девочки – направо сингл и мультиплеер существуют раздельно. В общем ME3, опять же на мой взгляд, - отличная эпичная игра с финалом, который просто выносит мозг. Только одним этот вынос пришёлся по душе, как мне, а другим - нет. Чем мне понравился финал - не понятно, что же будет со вселенной дальше. Ведь вряд ли Биовэр забросят такую прибыльную серию как Масс Эффект, и продолжение обязательно будет. И вот интересно - будет ли это приквел, или придумают нового героя, или же каким-то образом опять будет Шепард?
З.Ы. Уже организована петиция к разрабам, чтобы они изменили финал. Идёт сбор подписей. Интересно, прогнутся ли Биовэр под игроков или нет?

Ну на то они и жнецы, чтобы собирать урожай. И они уничтожают не только органиков, но и синтетиков, тех же гетов, например. Но вот как они это делают. Ладно бы просто всех перемочили и улетели, нет же - они собирают разную живность и перерабатывают, создавая всяких тварей. С мальчиком я не очень понял, кто он вообще? Он сказал, что он - катализатор, а Цитадель - часть него, и что это он придумал порядок, когда жнецы раз в 50 тыс. лет уничтожают развитые расы. То есть он типа хозяин жнецов что-ли? В самом начале игры, когда он первый раз нам встречается, его никто кроме Шепарда не видит. Я сначала не заметил, но потом вычитал на одном сайте, что когда мальчик садился в челнок, ему солдаты не помогали, хотя помогали всем остальным. То есть его видел только Шепард. И мальчик сразу ему сказал, типа а зачем спасаться, если и так все обречены. То есть он призывал Шепарда не сопротивляться. Ну и вообще ясно, что это никакой не мальчик, а некий ии, управляющий жнецами, который использовал оболочку мальчика. Тогда вопрос: почему в конце он предоставил Шепарду выбор, что сделать со жнецами, если он на их стороне? Ещё есть мнение, что Шепард с самого начала игры был одурманен жнецами, как и Призрак.

Ну посмотрим, что будет дальше. Мне всё-таки кажется, что концовка - это глюк Шепарда, и Биовэр скоро выпустит патч или DLC, где всё станет ясно.